Malmö Yacht Klubb (M.Y.K) bildades i 1921 genom en sammanslagning av Malmö Segel Sällskap (MSS) och K.S.S.S. Malmöavdelning. Klubben hade station vid Hamnpaviljonen vid infarten till Malmö Hamn. Klubben verkade fram till 1939 dels ensam - dels tidvis i samarbete med MSS - denna klubb ingick i MYK i 1939

Största sportsliga framgång var bronsmedalj vid Olympiska Spelen i Los Angeles 1932 i Starbåt genom Gunnar Aster.

Efter andra världskriget blev hamnen för liten och blev pressad av pågående hamnbyggen.

En utflyttning till Limhamn påbörjades redan under krigsåren - och hamnen vid Hamnpaviljonen lades slutgiltigt ner 1959. MYK hade i Limhamn aktivitet tillsammans med Segelsällskapet Trindeln med hamnplatser och klubbhus i nuvarande färjehamnen (södra hamnen). Skånska Cement Aktiebolaget bidrog till etablering av hamnen.

Verksamheten under krigsåren var begränsad - men kom fort i gång efter 1945 med livligt kappseglingsutbyte med de Danska klubbarna. Trots begränsade hamnmöjligeter var seglare från Malmö mycket framgångsrika - fram för allt i Danmark, men 49 foteren "Anitra" vann Fastnet Race 1959. 70 foteren "Capricia" vann samma segling några år senare.

Ökande välstånd och ökande intresse för segelsporten innebar att hamnen i Limhamn efterhand blev för liten, detta också beroende på etablering av färjetrafiken till Dragör.

1967 beslöt Malmö Kommun, efter många års intensiva påtryckningar från klubbarna, att etablera en ny och stor småbåtshamn söder om Fiskehamnen i Limhamn - igen med hjälp av Skånska Cement Aktiebolaget (numera Scancem AB), som gratis etablerade vågbrytare och klubbhusön med överskottsmassor från kalkbrottet.

Medlemmarna i Trindeln och MYK beslöt en sammanslagning av de två klubbarna under namnet Malmö Segel Sällskap. MSS hade sedan 1939 varit passivt men genom MYK hållits vid liv och en styrelse alltid funnits. Namnet hade skyddats.

Med denna sammanslagning började en ny era för segling i Malmö och regionen - med en storklubb som redan på 70-talet hade 1600 medlemmar - med andra ord en av de största klubbarna i Sverige. Alla tillgånger, priser, mm överfördes till MSS - även de gamla klubbarnas historia.

1981 återetablerades Malmö Yacht Klubb av 1921 som en stödförening till MSS och med ändamål att verka för gamla traditioner, gott sjömanskap och för övrigt stödja MSS vid behov.

Medlemmar från MYK har under årens lopp ansvaret för viss utsmyckning av klubbhuset och för underhåll och utbyggnad av signalmasten vid MSSs klubbhus och avhåller årligen under trivsamma former sällskaps- och kappseglingar till "utrikes kust". Klubben har ett till två välbesökta möten varje år.